W taki oto sposób docieramy do prezbiterium. Nad bogato zdobionymi stallami, zwieńczonymi baldachimami, rzeźbionymi w drewnie, po prawej stronie odnaleźć można herb Łodzia, którym to pieczętował się opat bledzewski Kazimierz Jan Opaliński. To on sprowadził Cudowny Wizerunek Maryi do Rokitna. Z lewej strony widnieje herb Arcybiskupa Gnieźnieńskiego i Poznańskiego Leona Przyłuskiego, który konsekrował tę świątynię w 1854 r.
Centralne miejsce bazyliki to oczywiście ołtarz główny. Wykonał go z drewna artysta Grunewald z Legnicy w 1760 r. Antypodia ołtarzowe wykonane są w stylu sarkofagowym. Obrotowe tabernakulum ozdabia sceną z Emaus. Powyżej znajdują się rzeźby św. Józefa z Dzieciątkiem i św. Elżbiety po jednej oraz św. Piotra Apostoła i św. Anny po drugiej stronie. Na ścianach umieszczono figury św. Wojciecha po lewej i św. Stanisława po prawej stronie. Ołtarz zwieńczony jest figurą Boga Ojca z gromadą aniołów i gołębicą – symbolem Ducha Świętego. Miejscem, które skupia naszą uwagę, jest, umieszczony na czerwonym tle, wizerunek Matki Bożej Rokitniańskiej.